隠岐汽船が欠航を決める最大の要因は、日本海特有の波浪（波の高さ）とうねり、風速です。隠岐航路は外洋を航行するため、沿岸部よりも波が高くなりやすく、気象庁の波浪警報や注意報の発令状況がダイレクトに運航へ影響します。
大型フェリーと超高速船「レインボーJET」では、以下のように運航判断の基準が明確に異なります。
大型フェリー（おき・くにが・しらしま）：
波の高さがおおむね4メートル以上に達すると欠航の可能性が急上昇します。波高3メートル台後半でも、風向きが真横からの強風（横波）を受ける予報の場合や港湾内のうねりが激しい場合は安全確保のため欠航判断が下されます。
超高速船レインボーJET：
水中翼で浮上航行する特性上、フェリーよりも海況の影響をシビアに受けます。波高が2.5メートル〜3メートルに達すると浮上航行が困難となり、欠航リスクが高まります。また、波の高さだけでなく「濃霧による視界不良（流木などの浮遊物回避が困難になるため）」や「突風」によっても運休が決定されます。
台風接近時はもちろん、冬季の季節風による大しけでも連日欠航が続くことがあるため、波浪予測モデル（沿岸波浪予想図）を事前確認しておくことがリスク回避の鍵となります。
