医療機関での治療は、感染した異常細胞を破壊・脱落させ、生体の免疫反応を誘導することが主軸となります。
標準治療の第一選択は「液体窒素凍結療法（クライオセラピー）」です。マイナス196度の液体窒素を綿棒やスプレーで病変部に数秒間押し当て、凍結と融解を繰り返します。壊死した組織がカサブタとなって剥がれ落ちるまで、通常1〜2週間おきに通院を重ねます。確実性が高い反面、処置中および処置後に強い痛みを伴う点がデメリットです。
足の裏は角質が非常に厚いため、液体窒素だけでは芯まで冷気が届かず難治化することもあります。そうした難治性病変に対して選択されるのが「炭酸ガス（CO2）レーザー」や「色素（ダイ）レーザー」による最新治療です。病変組織をピンポイントで蒸散させたり、ウイルスを養う血管を選択的に熱破壊することで、周囲へのダメージを抑えつつ高い治療効果を発揮します。
このほか、活性型ビタミンD3軟膏の塗布、漢方薬（ヨクイニン）の内服、免疫応答を引き起こすSADBE（局所免疫療法）など、患部の状態や年齢に応じた多彩な選択肢が用意されています。
