沖縄こどもの国の入園料金は、公認施設ならではの良心的な価格設定が魅力です。一般入園料は大人1,000円、中高生500円、4歳〜小学生200円、3歳以下無料となっており、民間テーマパークと比較しても圧倒的なコストパフォーマンスを誇ります。園内の体験型科学館「ワンダーミュージアム」へ入場する場合は、別途入館料（大人200円、4歳〜高校生100円）が必要ですが、合計しても大人が1,200円で終日楽しめる計算です。
少しでも費用を抑えてスムーズに入場したい場合、公式提携のWebチケット（アソビュー！やKKdayなど）での事前購入が効果的です。現地窓口の混雑列に並ぶことなくダイレクトに入園できるだけでなく、期間限定のポイント還元やオンライン割引キャンペーンが適用されるケースがあります。沖縄県民向けの優待サイト「ちゅらとく」等の特別クーポンが配信されることもあるため、来園直前のチェックは欠かせません。
沖縄在住者や年に複数回訪問するリピーターであれば、年間パスポート（大人3,000円、中高生1,500円、小学生以下600円）の購入が最も賢い選択肢となります。通常料金のわずか3回分の来園で元が取れる価格設定になっており、4回目以降は実質無料で入園可能です。園内イベントや季節展示の移り変わりを楽しむ層から高い支持を集めています。
