水口高校を語る上で欠かせないのが、滋賀県のスポーツ史に足跡を残してきた部活動の存在感です。特にサッカー部と野球部は、同校の文武両道を象徴するシンボルとして知られています。
サッカー部は全国高等学校サッカー選手権大会やインターハイ予選で幾度となく上位進出を果たしてきた県内有数の強豪です。水口高校サッカー部が生んだ最も偉大な出身有名人といえば、元サッカー日本代表キャプテンであり、「アジアの壁」と称された井原正巳氏（現・柏レイソル監督）です。井原氏が高校時代に培った泥臭くも強靭なディフェンス力と統率力のエピソードは、今なお同校グラウンドの部員たちに語り継がれる精神的支柱となっています。
一方の野球部も、過去に全国高等学校野球選手権大会（夏の甲子園）への出場経験を持つ古豪として知られ、甲賀・湖南地域の球児たちが熱意を持って集まる拠点です。近年は専用グラウンドの整備や科学的トレーニングの導入も進み、放課後の校内には活気ある掛け声が響いています。スポーツ推薦枠だけに頼らず、一般入試で入学した普通科の生徒たちが主体となって県上位を目指すプロセスは、同校の健全な校風の醸成に直結しています。
