「ご自愛ください」を使う際、もう一つの注意点が「目上の人への敬語レベル」です。「ください」は「くれ」の丁寧語であり、敬意を含んでいるものの、構文としては相手に指示・依頼をする「命令形」のニュアンスが残ります。そのため、取引先の役員や重要な顧客に対して「ご自愛ください」と言い切る形は、やや素っ気なく、上から目線の印象を与える危険を孕んでいます。
目上の相手に対して健康を気遣う結びを入れる場合は、文末をより丁重な形に整えるのが現代のマナーです。
【目上・社外向けの丁寧な語尾アレンジ】
・「どうかご自愛くださいませ」
・「何卒ご自愛のほどお願い申し上げます」
・「時節柄、ご自愛専一にてお過ごしください」
さらに、確実に敬意を示したいフォーマルな場面では、「ご自愛」を使わずに「ご健康をお祈り申し上げます」との使い分けを行うのが最も安全です。「ご健康をお祈り申し上げます」は相手に健康管理を求めるのではなく、「書き手自身が相手の健康を祈る（祈念する）」形をとるため、上下関係におけるノイズが一切生じません。
ビジネスメールの結びを格上げするための、シーン別言い換え表現をまとめました。
【ご自愛くださいの言い換え表現一覧】
・よりフォーマルに：「末筆ではございますが、〇〇様のご健勝とご多幸を心よりお祈り申し上げます」
・プロジェクトや繁盛を祈る：「貴社のますますのご発展と、皆様のご健勝をお祈り申し上げます」
・親近感を持たせつつ丁寧に：「季節の変わり目ですので、どうぞ健やかにお過ごしください」
・気候変動の激しい時期に：「天候不順の折、体調を崩されませぬようくれぐれもお気をつけください」
また、日本特有の風情を伝える「季節の変わり目の時候の挨拶詳細まとめ」として、月ごとの代表的な結びの言葉も活用できます。
・春（3月〜4月）：「花の便りが聞かれる頃、何かとお忙しい時期とは存じますが、どうぞ健やかにお過ごしください」
・夏（7月〜8月）：「酷暑の折、くれぐれもご無理をなさらぬようお身体大切にお過ごしください」
・秋（9月〜10月）：「朝夕はめっきり冷え込んでまいりました。風邪など召されませぬようご自愛ください」
・冬（11月〜12月）：「師走の慌ただしい時期、寒さ厳しき折柄、どうぞ温かくしてお過ごしください」
