ユネッサンを賢く利用する上で、まず把握しておきたいのがチケット体系です。施設は水着で遊べる「ユネッサン（水着エリア）」と、落ち着いて本格温泉を堪能できる「元湯 森の湯（温泉入浴エリア）」に分かれており、双方を利用できる「パスポート」と単体チケットが用意されています。
現地窓口での当日購入も可能ですが、スムーズな入場とコストカットを狙うなら事前購入が鉄則です。アソビュー！などの大手レジャー予約サイトや公式電子チケットサービスでは、常時お得な前売りプランが販売されています。特に箱根ユネッサン割引クーポンを活用すれば、大人通常料金から数百円〜千円以上の割引が適用されるケースも珍しくありません。
さらに、箱根登山鉄道やバスが乗り放題になる「箱根フリーパス」の提示割引や、周辺の提携ホテル宿泊者向け優待、JAF会員優待など、手持ちのカードや乗車券をチェックするだけで使える割引ルートが多数存在します。繁忙期は入場規制がかかる場合もあるため、日付指定の前売り電子チケットをあらかじめ確保しておくのが最も安全かつ経済的です。
