かつては「1日2往復」という極めて限定的な実験的運行にとどまっていたAシートですが、車両の新製投入に伴い、現在のダイヤでは運行本数・区間ともに大幅な拡充が図られています。
主な運行線区は琵琶湖線・JR京都線・JR神戸線（野洲・草津〜京都〜大阪〜神戸・三ノ宮〜明石〜姫路・網干）です。特にビジネス需要が集中する朝の通勤ラッシュ時間帯（大阪・京都方面行き）および夕方から夜間にかけての帰宅時間帯（神戸・姫路方面行き、草津・野洲方面行き）を中心に定期ダイヤが組まれています。
現在における運行の特徴は、利用者のライフスタイルに合わせた時間帯設定です。
- 平日朝上り・夕方下り（通勤特化ダイヤ）：姫路・明石方面から大阪・京都方面へ直通する朝の列車は、主要駅からの着席通勤ニーズを満たし、連日満席に近い高稼働を記録しています。
- 日中・休日ダイヤ（観光・レジャーダイヤ）：大阪〜京都間、あるいは大阪〜三ノ宮・姫路間の都市間移動や行楽需要に対応。新幹線を利用するほどではない中距離移動において、自由席特急よりも手軽な移動手段として定着しています。
編成両数は新快速全体の12両編成のうち、「9号車」がAシート車両として固定されています。乗車駅のホーム上には専用の案内サインが掲出されており、乗車口も一般車とは明確に区分されています。時刻表を確認する際は、JR西日本の公式路線図や「JRおでかけネット」、市販の時刻表において「新快速［Aシート］」のマークが付されている列車を選択してください。
