長年愛される人気作品であるがゆえに、ネット上には根拠の薄い都市伝説や誤認が少なからず流通しています。ここで代表的な3つの誤解を正しく解き明かします。
誤解1：山本シナ先生の正体は「老婆」であり、美女姿は術による幻覚である？
ファンの考察動画や掲示板などで頻繁に見られる説ですが、これは公式な事実ではありません。原作・アニメともに「どちらが本来の姿なのかは明かされていない」というのが一貫した公式見解です。「若返りの秘術を使っている老婆」と解釈することもできれば、「老けメイクと骨法による縮身の術を極めた若い女性忍者」と解釈することも可能な構造になっています。この曖昧さそのものが、尼子騒兵衛氏の意図した「忍びの正体不明性」の演出です。
誤解2：忍術学園には他にも名前のある女性教員が複数常駐している？
くノ一教室が存在するため「女性教員は何人もいるはず」と想起されがちですが、劇中に登場する正規教職員としての女性は山本シナ先生のみです。他の女性キャラクターとしては、厨房を一手に預かる「食堂のおばちゃん」や、事務員の小松田秀吾の周囲に現れる町娘、忍たまたちの母親（乱太郎の母・乱子など）が登場しますが、彼女たちは学園の教壇に立つ教員ではありません。
誤解3：山本シナ先生の年齢を聞いても「怒られるだけ」で済む？
作中で乱太郎、きり丸、しんべヱをはじめとする生徒たちがシナ先生の年齢や素顔を詮索しようとした際、受ける報復は単なる小言では済みません。背後から手裏剣が飛んでくる、天井や床下に叩き落とされるなど、物理的な制裁がギャグ描写として苛烈に描かれます。「忍者の素性を暴こうとすることは命を捨てるに等しい」というリアリズムを、ユーモアを交えつつ徹底的に叩き込む作法となっています。
