2012年12月、第2次安倍政権の発足に伴い、杉田氏は事務担当の内閣官房副長官に抜擢されます。事務副長官は「官僚の頂点」として全省庁の事務次官等会議を主宰する極めて重いポストですが、警察官僚出身者がこの座に就くのは極めて異例であり、後藤田正晴氏の系譜を継ぐ危機管理のプロとしての期待が込められていました。
杉田体制の決定的な武器となったのが、2014年に新設された内閣人事局です。各省庁の審議官級以上の高級官僚人事を官邸が一元管理する仕組みにおいて、杉田氏は初代内閣人事局長（兼任）として実務の全権を握りました。当時官房長官を務めていた菅義偉氏との強固な信頼関係のもと、政策推進の足かせとなる省益優先の官僚を退け、官邸の方針に忠実な人材を適材適所で配置する「官邸一強」のシステムを完成させたのです。
その結果、古川貞二郎氏の持っていた最長記録を大幅に更新する3207日間にわたり官邸の要職を務め上げ、安倍政権の長期安定と、その路線を継承した菅政権の屋台骨を支え抜きました。
