宇宙飛行士が所属するJAXA（国立研究開発法人宇宙航空研究開発機構）の正規職員の処遇は、総務省や文部科学省へ提出される公式給与水準報告書によって詳細が開示されています。JAXA職員の平均年収は約840万円〜880万円（平均年齢約43〜45歳）を推移しており、宇宙飛行士にも基本的にはこの給与体系がそのまま適用されます。
宇宙飛行士候補者として採用された直後の待遇は、前職のキャリアや年齢によって厳格に算出されます。過去の募集要項や人事規程によると、モデルケースとしての初任基本給は以下の水準が示されています。
- 30歳前後での採用時：本給月額 約32万〜36万円（各種手当・賞与を含めた想定年収：約600万〜700万円）
- 35歳前後での採用時：本給月額 約38万〜42万円（各種手当・賞与を含めた想定年収：約750万〜850万円）
- 40代ベテラン（宇宙飛行経験者）：本給月額 約50万〜60万円（各種手当・賞与を含めた想定年収：約1,000万〜1,200万円）
一般企業のようなインセンティブ給（歩合制）はなく、月々の基本給に地域手当、扶養手当、住居手当、超過勤務手当、そして年2回（6月・12月）の期末・勤勉手当（ボーナス、年間約4.4〜4.5カ月分）が支給される極めてオーソドックスな構造です。筑波宇宙センターや東京事務所勤務の場合は都市部の地域手当が加算されますが、基本的には「堅実な研究開発職の俸給表」に沿って昇給していきます。
