3階に位置する「ミュージアムカフェ」は、作品の世界観を驚くべき完成度で料理へと昇華させた人気スポットです。
看板メニューは、誰もが一度は憧れた秘密道具を再現した「アンキパンフレンチトースト」。表面に数式や文字が精巧に焼き付けられたパンに、アイスクリームとシロップを絡めて味わう至福の逸品です。また、マグカップの上にドラえもんやコロ助、チンプイなどのキャラクターが描かれる「ラテアートドリンク」は、どの絵柄が運ばれてくるかテーブルに届くまで分からないサプライズ感があり、注文率が極めて高い名物です。ボリューム満点の「ジャイアンカツ丼」やキャラクターを模した特製ハンバーグプレートなど、食事としてのクオリティも妥協がありません。
混雑回避のためには前述の通り、入館直後の発券機操作が最重要です。整理券のQRコードを読み取れば、待ち組数と呼び出し状況が手元のスマートフォンに表示されるため、展示室や読書コーナー「みんなの広場」で待ち時間を無駄なく活用できます。
鑑賞の締めくくりとなる1階「ミュージアムショップ」では、ここでしか手に入らない川崎市 藤子・F・不二雄ミュージアム限定グッズ・お土産が充実しています。高品質な複製原画をはじめ、アンキパンを模したラスク、限定カラーのドラえもんぬいぐるみ、名台詞が刻まれたピンズコレクションなど、細部までデザインされたアイテムが揃っています。特にミュージアムオリジナルの文房具や図録は、大人向けのシックな装丁となっており、記念品として高い人気を誇ります。