ポケモンセンターキョウトが拠点を構えるのは、京都市下京区四条通室町東入函谷鉾町78番の複合商業施設「京都経済センター SUINA室町」の2階です。営業時間は10:00〜20:00となっており、阪急京都線「烏丸駅」および京都市営地下鉄烏丸線「四条駅」の地下通路（26番出口）から直結しています。雨天時でも傘を広げずにアクセスできる立地の良さは、観光客にとって極めて大きなメリットとなっています。
しかし、このアクセスの良さこそが混雑を加速させる要因にもなっています。現地の混雑状況を時間帯別に分析すると、平日の午前中は比較的落ち着いているものの、13:00を過ぎると観光ルートに組み込んだ訪日外国人客や修学旅行生が急増します。さらに土日祝日や連休期間には、開店前の午前9時台からSUINA室町の指定待機エリアに長い待機列が形成され、開店と同時に店内キャパシティの上限に達するケースが珍しくありません。
特に注意を払うべきなのは、店内通路の構造です。メガトウキョー（池袋）やオーサカ（梅田）といった旗艦店と比較すると、キョウト店はワンフロアの面積がややコンパクトに設計されています。そのため、来店客数が一定基準を超えると安全確保の観点から即座にエスカレーター付近での動線制限が敷かれ、会計待ちの列が売場を分断する事態へと発展します。
