熊本市中央区二の丸に位置する熊本医療センターは、熊本城に隣接する歴史的景観地区にあります。自家用車でのアクセスは熊本駅から約10分、桜町バスターミナルから約5分の距離ですが、来院時間帯によって駐車場の出入りに注意が必要です。
敷地内には外来患者・お見舞い用の立体駐車場が整備されているものの、平日の午前9時から午前11時30分頃は外来受診のピークと重なり、入庫待ちの列が発生しやすくなります。特に熊本城周辺の観光シーズンには周辺道路も含めて混み合うため、時間に余裕を持った移動が欠かせません。
公共交通機関を利用する場合、熊本駅や桜町バスターミナルから運行されている熊本都市バス・産交バスを利用し、「熊本医療センター前」または「国立病院前」バス停で下車すれば徒歩すぐでエントランスに到着します。通院時のストレスを減らす上でも、公共交通機関の活用が非常に有効です。