港北区役所の最寄り駅は、JR横浜線および東急東横線が乗り入れる「菊名駅」です。東口から徒歩で約10分〜12分ほどの距離に位置しています。平坦な道なりですが、歩道が狭い区間もあるため、天候や荷物の多さに応じてアクセス方法を使い分けるのが賢明です。
バスを利用する場合、菊名駅東口や新横浜駅から臨港バス・横浜市営バスが運行しており、「港北区総合庁舎前」バス停で下車すれば目の前に到着します。雨の日や小さな子ども連れの場合はバスの利用が非常に快適です。
自家用車で訪れる場合の駐車場は、庁舎敷地内に用意されています。しかし、収容台数には限りがあり、特に午前中は満車による駐車待ちの車列が周辺道路に伸びることが頻発しています。満車時は近隣のコインパーキングを利用するか、可能な限り公共交通機関を利用することが推奨されます。