大手学校情報ポータルサイトや保護者コミュニティ、SNS等に寄せられた生の声を取材・検証すると、東農大三中に対する満足度の核心が浮き彫りになってきます。
最も高く評価されているのは、東京農業大学の教育理念である「実学主義」を体現した独自の体験型理科教育です。「中学1年次から本格的な実験・観察の授業が多く、レポート作成能力や論理的思考力が自然と身につく」「大学の研究室やフィールドワークと連携した探究学習は、教科書をなぞるだけの勉強とは一線を画している」といった声が目立ちます。
校風は穏やかで面倒見が良く、アットホームな雰囲気が特徴です。知的で落ち着いたデザインのブレザー制服は生徒・保護者双方から好評を得ており、中高一貫校ならではの先取り授業を行いながらも、部活動や学校行事（体育祭・農三祭など）に全力で打ち込める環境が整っています。職員室への質問のしやすさや、放課後の補習・講習体制の手厚さにも定評があります。
