ゆで太郎のヘビーユーザーから圧倒的な熱量で支持されているのが、午前中の時間帯に提供される朝メニューと、ランチタイムの主役である日替わり得セットです。
ゆで太郎の朝メニューの提供時間は「開店から午前11:00まで」（24時間営業店舗の場合は朝5:00から11:00まで）と設定されています。多くの外食チェーンが朝食メニューを10:00や10:30で締め切る中、11:00まで利用できる猶予は、ブランチとしても使いやすく非常に重宝されています。看板メニューの「朝そば」は、温・冷を選べる自家製蕎麦に、かき揚げや生卵、あるいは鬼おろし（粗挽き大根おろし）がセットになり、驚くべき高コストパフォーマンスを実現しています。朝からしっかりと栄養をチャージしたい層向けに、納豆や焼鯖ごはんが付いた「朝セット」も揺るぎない人気を誇ります。
そして、昼時の胃袋を掴んで離さないのが日替わり得セットです。月曜日から日曜日まで曜日ごとにセット内容が固定されており、ミニかつ丼、ミニ天丼、ミニカレー、豚バラ丼などがフルサイズの蕎麦とタッグを組みます。通常単品を組み合わせるよりも割安に設定されており、注文が入ってから茹で上げるシャキッとした細打ち蕎麦と、熱々のミニ丼が繰り出すコンビネーションは、午後の活力源として完璧なバランスを提供しています。
ここで特筆すべきは、ゆで太郎のかつ丼に対する評判の高さです。大衆蕎麦チェーンのかつ丼と聞くと、工場で加工された成型肉やつくりおきのカツを連想する人もいるかもしれませんが、ゆで太郎の厨房では豚ロース肉に丁寧な手仕込みを施し、注文ごとにフライヤーで揚げてから特製のそばつゆ（かえし）で玉子とじに仕上げています。出汁の効いた少し甘めのつゆが染みた衣と、ジューシーな豚肉のクオリティは、SNSや口コミサイトでも「蕎麦屋の領域を完全に超えている」「専門チェーンに匹敵する完成度」と絶賛されています。
