横浜医療センターは神奈川県横浜市戸塚区原宿に位置しており、最寄り駅となる戸塚駅からはバスの利用が前提となります。通院時の交通ストレスを軽減するためには、路線バスのダイヤと運行系統を正確に把握しておく必要があります。
JR東海道本線・横須賀線、および横浜市営地下鉄ブルーラインが乗り入れる戸塚駅西口の戸塚バスセンターからは、神奈中バスが頻繁に運行されています。「横浜医療センター」行きのバスを利用すれば病院敷地内のロータリー（停留所：横浜医療センター）まで直接乗り入れて徒歩0分でアクセス可能です。また、「横浜医療センター前」経由の系統に乗車した場合は、国道1号線沿いの停留所で下車し、徒歩約3分で正面玄関へ到着します。平日の朝の通勤・通院時間帯（7時30分〜9時）は、原宿交差点周辺の渋滞に伴いバスの所要時間が通常（約15分〜20分）より10分以上遅延することが常態化しているため、予約時間には十分な余裕を持って移動することが不可欠です。
自家用車を利用する場合、敷地内に外来専用の自走式立体駐車場が完備されています。外来受診患者には割引処理（認証機での割引適用）が行われますが、午前8時30分から11時にかけては入庫待ちの車列が周辺道路にまで延びることがあります。特に雨天時は車での来院者が激増し、入庫まで30分以上待たされる事例が頻発するため、可能な限り公共交通機関の利用が推奨されます。
