静寂が支配する境内において、建築史的にも傑出した輝きを放っているのが、国の重要文化財に指定されている本殿です。参道を進み、拝殿の奥に鎮座するその威容は、桃山時代の美意識を凝縮した佇まいを見せています。
現地解説板および文化財調査記録によると、現在の本殿は桃山時代の再建と伝えられます。建築形式は一間社春日造（いっけんしゃかすがつくり）、屋根は格調高い檜皮葺（ひわだぶき）です。規模は桁行約1.6メートル、梁間約1.8メートルと端正な小規模建築でありながら、前面に隅木（すみぎ）を入れ、正面には蔀戸（しとみど）を構え、周囲に縁高欄（えんこうらん）を巡らせて正面に九段の木階（もっかい）を設けるなど、極めて精巧な造作が施されています。
特筆すべきは、要所に残る極彩色の彩色遺構と、木鼻や蟇股（かえるまた）に施された躍動感あふれる彫刻、そして鈍い輝きを放つ鍍金金具（ときんかなぐ）の装飾です。奈良俣の落ち着いた風土のなかに、豊臣秀長が城下町として発展させた桃山期の華麗で力強い気風がしっかりと息づいており、訪れる歴史愛好家や建築ファンを唸らせる見どころとなっています。
