西中野渡船の運行システムは非常にシンプルです。定時運航のダイヤグラムに縛られる一般的な路線交通とは異なり、利用者が船着き場に現れたタイミングに合わせて運航する「随時運航」スタイルが採られています。
船着き場に到着した際、対岸に船が停泊している場合は、乗り場に設置されている合図用の設備(呼び出しボタンや看板の指示)に従って船頭さんに合図を送ります。船頭さんが気付くと、木曽川を滑るように船が迎えに来てくれます。
乗船時は船頭さんの指示に従い、救命胴衣を正しく着用して静かに着席します。自転車を持ち込む場合は、波の揺れで倒れないよう手でしっかりと支えるのがルールです。