2015年12月、横浜地方裁判所で開かれた判決公判において、高島元校長に対して言い渡されたのは懲役2年、執行猶予4年（求刑・懲役2年）の有罪判決でした。
延べ1万2000人超という凄まじい被害実態に対し、「なぜ実刑ではなく執行猶予なのか」と世論からは疑問の声も上がりました。しかし、日本の司法管轄権や国外犯処罰規定の制約、さらに証拠として法的に児童ポルノ所持・製造で立件できた件数が限定的であったことが量刑に影響したとされています。
法的な実刑は免れたものの、社会的制裁は極めて重いものでした。事件発覚後に横浜市教育委員会から懲戒免職処分を受け、教員免許は失効。さらに、本来支給されるはずだった約2500万円にのぼる退職金も全額不支給となりました。
