家庭でしじみの砂抜きを行う際、最も多く見られる失敗が「水道水にそのまま浸けて放置する」という行為です。日本の流通網に乗る食用しじみの約99%を占める「ヤマトシジミ」は、淡水と海水が混ざり合う汽水域（島根県の宍道湖や青森県の十三湖など）に生息しています。完全な淡水に棲むマシジミとは異なり、ヤマトシジミにとって塩素を含む水道水や完全な真水は浸透圧のバランスが崩れる過酷な環境であり、身を守るために殻を固く閉ざしてしまいます。
しじみがしっかりと口を開けて呼吸し、体内に溜まった砂を活発に吐き出すためには、生息域に近い塩分濃度0.3%〜1%程度の汽水環境（水500mlに対して塩小さじ半分〜1杯弱）を再現することが不可欠です。真水でも時間をかければある程度は吐くものの、ストレスによって旨味成分が流出し、貝自体が弱ってしまうリスクが高まります。
また、もう一つの決定的な失敗理由は「底に平置きして吐いた砂を再び吸い込ませてしまう」ことです。ボウルにしじみを直接敷き詰めて水を入れると、吐き出された砂が底に沈殿し、水管の近くに留まるため、呼吸の過程で再度砂を飲み込んでしまいます。この構造的トラップを防ぐためには、ボウルの中にザルを重ねて底から数センチ浮かせた状態を作ることが絶対条件となります。
さらに、水の深さと周囲の明るさも見落とされがちなポイントです。水深が深すぎると酸欠を起こして砂を吐く活動を停止するため、しじみの殻の頭がわずかに水面から出る程度の「ひたひたの水量」に調整し、砂底の暗闇を再現するためにアルミホイルや新聞紙で覆って暗い場所を作ることが、スムーズな砂出しを促す物理的トリガーとなります。
