走水神社を訪れたなら、本殿だけでなく境内奥に広がる聖域まで順序正しく巡礼することが、ご神徳を余すところなくいただく鍵となります。
本殿の右手奥にある急な石段を登っていくと、弟橘媛命に殉じた「三色石（御所跡）」や、弟橘媛命に殉難した7人の侍女（じじょ）を祀る「別宮（三社・弟橘媛命侍女等）」がひっそりと鎮座しています。実はこの高台の社こそが、境内でも特に張り詰めた純粋な空気が漂う重要スポットです。
【推奨される参拝順路】
1. 一の鳥居・二の鳥居で一礼：参道の端を静かに歩きます。
2. 手水舎でお清め：富士山の霊水で手と口を清めます。
3. 本殿参拝：「二礼二拍手一礼」にて、日頃の感謝と誓いを立てます。
4. 石段を上がり別宮へ：弟橘媛命の侍女たちを祀る社、水神社、稲荷社などへ敬意を込めて参拝します。
5. 包丁塚・針塚：生活の糧や物を大切にする心を祀る塚に手を合わせます。
6. 本殿下へ戻り、お水取り・御朱印受領：最後に感謝を込めて授与所へ向かいます。
境内は高低差があり足場が滑りやすい場所もあるため、ヒールやサンダルではなく、歩きやすい靴での参拝が強く推奨されます。また、日が暮れると神域の空気が一段と厳しくなるため、午前中から14時頃までの明るい時間帯に訪れるのが最も望ましいとされています。
