アミューズメントフロアと並び、長年根強い支持を集めているのが併設のボウリング場「ワンダーボウル南熊本」です。全盛期のボウリング場が次々と姿を消していくなか、同施設はデジタルスコアラーの刷新やレーンメンテナンスの徹底によって高いプレイ環境を維持しています。
利用者の関心が特に集中するナムコワンダーシティ南熊本店 ボウリング料金は、通常ゲーム料金に加えてお得なパック料金が充実している点が特徴です。とりわけ学生やボウリング愛好家の間で圧倒的な利用率を誇るのがワンダーボウル南熊本 投げ放題プランです。平日の特定時間帯や深夜帯に設定されているこのプランは、貸靴代（約400円前後）を別途支払うだけで、3ゲーム以上投球すれば確実に元が取れる価格設定になっています。
実際のレーン状況を観察すると、ガター防止バンパーや軽量ボール、投球補助台などが完備されており、小さな子ども連れのファミリーでも気兼ねなく楽しめる配慮が行き届いています。一方で、夜間になるとハウスボールの枠を超えたマイボウラーたちが本格的な投球練習に励む光景も見られ、カジュアル層とシリアス層がストレスなく共存できるフロア設計が施されています。
