もっとも激しい批判の的となってきたのが、「集まった寄付金から25％をピンハネしている」という説です。結論から言えば、ユニセフ募金のピンハネ疑惑は事実無根のデマであり、国際的な取り決めに沿った適正な経費処理が行われています。
国連ユニセフ本部と各国国内委員会の協定では、「集まった募金の最大25％までを国内での広報・啓発・募金活動費として充当してよい」と定められています。実際の日本ユニセフ協会における寄付金の経費割合と使途内訳を確認すると、例年集まった資金の約81〜83％が国連ユニセフ本部に送金され、国内活動経費は約17〜19％前後に抑えられています。
この約18％の経費には、領収書の発行・発送、テレビCMやパンフレットなどの啓発広報費、募金システムの維持費などが含まれます。寄付集めには当然ながらコストが発生するため、国際的なNGOや他の認定NPO法人と比較しても20％未満の経費率は極めて標準的かつ健全な水準です。
また、日本ユニセフ協会の役員報酬や経費についても調査したところ、理事や監事などの役員は無報酬（ボランティア）で職務に就いており、常勤役員や専従職員に対してのみ適正な給与が支払われています。役員が寄付金で私腹を肥やしているという噂は客観的なデータによって否定されています。
