フィールドの2個を使い切った後でも、ポケモンXY独自の育成システムである裏スーパートレーニング（裏スパトレ）を活用すれば、やみのいしを何個でも無限に入手できます。
裏スパトレを解放するには、努力値（基礎ポイント）を最大（合計510）まで溜めた「かんぺきポケモン」を1体用意する必要があります。通常のスパトレ全ステージをクリアした状態でかんぺきポケモンを選択すると、上級者向けの裏トレーニング全12種が出現します。
やみのいしが手に入る対象ステージは、裏スパトレLv.6の「ねらえ！ 隠れた プレッシャー！」（ギルガルドバルーン）です。このミニゲームを目標クリアタイム以内に素早くクリアすると、高確率でクリア報酬として「やみのいし」がドロップします。シューター性能の高いポケモン（攻撃や特攻のステータスが高い個体）を操作キャラクターに選べば、1回あたり1分前後で周回可能です。
