感染症対策の現場で頻繁に比較されるのが、一般普及率の高いアルコール消毒液との違いである。エタノールを中心とするアルコール類は、脂質で構成された「エンベロープ」と呼ばれる膜を持つウイルス（インフルエンザウイルスやコロナウイルスなど）の膜を破壊することで不活化させる。しかし、脂質膜を持たない「ノンエンベロープウイルス」の代表格であるノロウイルスに対しては、アルコールの効果が極めて薄い。
ここで圧倒的な威力を示すのが、塩素系消毒成分が持つ力だ。有効塩素がウイルスのカプシド（タンパク質の外殻）を直接破壊し、内部の遺伝子情報を損傷させる。この強力なウイルス不活化作用こそが、ノロウイルス流行期において塩素系消毒剤が推奨される最大の根拠である。
