ポケモンセンターナゴヤを語る上で欠かせないのが、ここでしか手に入らない地域限定オリジナル商品とリニューアル記念グッズのラインナップです。
目玉となっているのは、店舗のシンボルであるセレビィをモチーフにしたプレミアムぬいぐるみやマスコット、そして天むす・小倉トースト・名古屋コーチンなど「名古屋めし」をユーモラスに取り入れたピカチュウのキーホルダー類です。さらに、愛知県の伝統工芸である「有松・鳴海絞」や「瀬戸焼」の技法を融合させた限定コラボ雑貨は、大人世代のコレクターや海外旅行客から高い評価を獲得しています。
限定アイテムの購入に際しては、「お一人様1商品につき○点まで」といった購入個数制限が厳格に敷かれており、転売対策が徹底されています。人気商品は再販のサイクルがあるものの、土日午後には当日分が完売するケースも見受けられるため、確実に入手したい方は開店直後の午前中枠を狙うのがセオリーです。