結論から整理すると、ヤクルトは医薬品ではなく清涼飲料水（特定保健用食品・機能性表示食品を含む）であるため、「アトピーを治療・完治させる効果」は認められていません。それにもかかわらず「治った」「症状が軽くなった」という声が後を絶たない背景には、ヤクルト独自の成分である「乳酸菌シロタ株（L. カゼイ YIT 9029）」が腸内環境と免疫バランスに及ぼす科学的な作用機序が関係しています。
アトピー性皮膚炎の主な要因の一つは、免疫システムにおける「Th1細胞（感染防御）」と「Th2細胞（アレルギー反応）」のバランスの乱れです。アレルギー体質の人はTh2細胞が過剰に優位となり、アレルゲンに対してIgE抗体を過剰産生して皮膚の炎症を引き起こします。人体の免疫細胞の約7割は腸に集中しており、腸内フローラの乱れが免疫の暴走に直結することが近年の研究で判明しています。
乳酸菌シロタ株は、胃液や胆汁などの強い酸に耐えて「生きたまま腸内に到達する」特性を持ちます。腸内で善玉菌（ビフィズス菌など）を増やして悪玉菌の増殖を抑制するとともに、腸管免疫を刺激して過剰なTh2優位の状態を整え、Th1とのバランスを正常化させる働きが各種の学術研究で報告されています。アトピーそのものを直接治すのではなく、腸内環境を整えることでアレルギー反応が起きにくい土台をサポートするというのが、医学的に妥当な解釈です。
