ランキング下位に目を向けた際、沖縄県平均身長低い理由については単なる栄養不足といった短絡的な話ではなく、人類遺伝学および生活習慣の二大側面から捉える必要があります。
第一に挙げられるのが、日本人の地域的遺伝構造（二重構造モデル）です。近年のゲノム解析研究（理化学研究所や東京大学などの解析）でも実証されている通り、沖縄や南九州、アイヌ民族には縄文人の遺伝的変異が比較的色濃く受け継がれています。縄文人は小柄で頑丈な骨格を持ち、手足が太く短めという形態的特徴を持っていました。一方で、大陸から渡来した弥生系集団（比較的高身長・面長の骨格）の遺伝的影響が強く流入した東北・北陸・近畿との間で、基礎的な骨格形成に関わるポリジーン（多因子遺伝）の分布差が存在します。
第二に、近現代における生活リズムの変化です。沖縄県は年間を通じて温暖であり、日没時刻が本土に比べて遅い地理的特性から、伝統的に「夜型」の生活文化が根付いています。小中高生の就寝時刻が全国平均より遅い傾向が見られ、加えて近年の食生活の欧米化（ポーク缶やファストフードの多用）に伴う脂質過多・微量栄養素の偏りが、思春期の急激な骨成長のタイミングに影響を与えている可能性が指摘されています。
