大阪南医療センターの診療科・担当医の陣容において、全国的にも極めて高いプレゼンスを誇るのが「リウマチ・膠原病・アレルギー内科」です。旧国立南大阪病院時代から積み上げられた難治性自己免疫疾患の診断・治療実績は突出しており、生物学的製剤やJAK阻害薬を駆使した先駆的治療法を求めて、近畿一円から患者が集結しています。
また、循環器内科、消化器内科、呼吸器内科、外科、整形外科、産婦人科、小児科など、各領域において専門医・指導医資格を有するベテラン医師が中核を担っています。がん診療においては、多職種カンファレンスによる個別化医療（キャンサーボード）を徹底し、手術・化学療法・放射線治療を組み合わせた集学的治療を提供しています。
地域住民の生命線となる救急体制についても確固たる基盤を敷いています。夜間・休日を含め、大阪南医療センターの救急受診（電話番号：代表 0721-53-5761）では、24時間365日体制で救急告示病院としての責務を全うしています。ただし、救急外来は重症患者を優先して治療するトリアージ体制が敷かれているため、軽症と判定された場合は診察順が後回しになること、時間外選定療養費が加算される場合がある点には理解が必要です。
なお、ネット上で散見される大阪南医療センターの建て替え・移転に関する噂については、現時点で病院機能そのものが遠隔地へ全面移転する計画はなく、既存敷地内における施設の長寿命化改修や高度医療機器の計画的更新、療養環境の最適化が順次進められています。
