米国版の味をそのまま再現することに徹底的にこだわっている一方で、使用する食材には日本ならではのアップデートが施されている。チポトレの哲学である「Food with Integrity（誠実さのある食物）」に基づき、日本国内の契約農家から仕入れた新鮮な野菜や、抗生物質を使わずに育てられた肉類が採用された。
現時点で日本限定のドラスティックなメニュー変更はないものの、トッピングのパクチー（コリアンダー）の量を調整できたり、日本の米文化に合わせたブレンド米が用意されていたりと、細やかな配慮が光る。本場の味を壊さずに、日本の消費者の繊細な味覚に寄り添う絶妙なバランス感覚だ。
