近年、特に注目を集めているのが医療系・理系進路を目指す生徒へのサポート体制です。筑紫女学園の医進コースおよび理系特進クラスでは、九州大学医学部をはじめとする国公立・私立大学医学部・薬学部・看護学部への進学指導を徹底強化しています。小論文指導や模擬面接、現役医師によるキャリア講話など、現場に根ざした指導が行われています。
筑紫女学園の大学合格実績（2026年最新動向）においては、九州大学、福岡女子大学、熊本大学などの地元国公立大学への安定した合格者数を維持。さらに私立大学群では、早稲田・慶應・上智・東京理科大、G-MARCH、関関同立への合格者を多数輩出しています。
また、同校の大きな強みとして挙げられるのが、圧倒的な数を誇る指定校推薦枠です。カトリック校とはまた異なる仏教名門校としての長い歴史と信頼から、早稲田大学、慶應義塾大学、上智大学、関西学院大学、同志社大学、立命館大学、そして地元トップ私大である西南学院大学や福岡大学など、毎年多数の指定枠が確保されています。一般入試と推薦入試の双方を見据えた進路戦略が描ける点は、受験生にとって極めて有利な環境です。
