チケット入手にあたり、事前予約と当日券のどちらを選ぶべきかは季節によって明確に分かれます。
春のお花見シーズン（3月下旬〜4月上旬）やゴールデンウィーク、秋の行楽シーズンは、世界各国からの観光客が集中し、当日券売り場に「完売」の看板が掲出される事態が珍しくありません。この時期に利用する場合は、公式サイト等のWeb予約システムを活用したアクアライナー当日券予約の回避、つまり事前確約が必須です。
一方、オフシーズンの平日であれば、大阪城港や八軒家浜の窓口で当日券を直接購入してそのまま乗船できるケースが大半です。ただし、各種パス類を利用した水上バス料金割引には特有のルールが存在します。
例えば、観光客に人気の「大阪周遊パス（Osaka Amazing Pass）」や各種デジタルチケットを適用する場合、窓口で乗船券（座席指定券）への引き換えが必要です。改札機に直接かざして乗船できるわけではないため、引き換え列に並ぶ時間を織り込んでおかなければ、目の前で船が出航してしまう事態を招きます。
