事態をさらに悪化させたのが、大学首脳陣の記者会見における発言の食い違いと責任の押し付け合いでした。作家から改革の旗手として就任した林真理子理事長と、酒井健夫学長（当時）、澤田康広副学長（当時）の間で「違法なものは見つからなかった」とする初期説明の齟齬が生じ、メディアや世論から強い批判を浴びることになります。
度重なる記者会見での釈明は火に油を注ぐ結果となり、日大のブランドイメージは失墜。統括組織である関東学生アメリカンフットボール連盟（関東学連）も迅速かつ厳しい対応を取りました。
関東学連は、公式戦への出場資格停止にとどまらず、事実上のリーグ追放にあたる「除名処分」を科しました。現場を率いていた監督やコーチ陣も連帯責任や指導監督責任を問われて辞任に追い込まれ、名門チームの指揮系統は完全に消滅しました。
