『ナウシカ』の後、庵野はガイナックスの設立に参画し、『王立宇宙軍 オネアミスの翼』や『ふしぎの海のナディア』を手掛け、1995年の『新世紀エヴァンゲリオン』で社会現象を巻き起こします。しかし、エヴァンゲリオンという作品の深層には、色濃くジブリ、とりわけ宮崎駿からの影響が刻印されていました。
人造人間エヴァンゲリオンの「装甲の下にある生体組織」という基本コンセプトや暴走時の異様な肉体表現は、ナウシカの巨神兵で自らが挑んだモチーフの直系進化形です。また、滅びゆく終末世界と巨大兵器の対比、自然と人工物の確執といったテーマ設定においても、宮崎駿作品からの強烈な影響と、それを解体・再構築しようとする野心が見て取れます。
スタジオジブリの鈴木敏夫プロデューサーがメディアで明かしたエピソードによれば、宮崎駿は『エヴァンゲリオン』の大ヒット当時、愛弟子が時代を席巻する様を横目で見ながら、複雑な対抗心を剥き出しにしていたといいます。一方の庵野も、精神的な極限状態に陥った際、宮崎駿に長文の手紙を送り、それに対して宮崎が「休め。何もしなくていい」と不器用ながら深い愛情をもって言葉を返した事実がNHKの密着ドキュメンタリー等で明かされています。二人の間には、単なるビジネスパートナーを超えた、創作上の「父と子」のような強烈なアンビバレンス（愛憎）が存在し続けていたのです。
