富士山こどもの国のもう一つの大きな魅力が、敷地内にある本格的な宿泊ゾーンです。モンゴルの移動式住居を模した「パオ集落」、木造の快適な「宿泊棟（コテージ・ロッジ風）」、そして自然を満喫できる「オートキャンプ場」が用意されています。
特にユニークな「パオ」は、異国情緒あふれる円形テント構造で、子どもたちにとってまるで冒険基地のようなワクワク感を味わえる人気施設です。室内にはマットや毛布、テーブルが備え付けられており、テント設営の手間なく手軽にグランピング気分を体験できます。また、冷暖房やユニットバスを完備した「宿泊棟」は、乳幼児連れやアウトドア初心者ファミリーから高い評価を獲得しています。
一方で、宿泊体験者の口コミや現場データから見えてくる注意点もあります。標高約800〜900メートルに位置するため、「春や秋でも夜間から早朝にかけて急激に冷え込む」という点です。夏場であっても防寒着（フリースやウインドブレーカー）の持参が推奨されます。また、パオや宿泊棟は宿泊希望日の数か月前から公式予約サイトで受付が開始されますが、週末や大型連休、夏休み期間は予約開始直後に即満室となるケースが多発します。予約スケジュールを事前にカレンダー登録し、解禁と同時にエントリーすることが成功の秘訣です。
