スライスレベルを判別する前段階として絶対に外せない基礎知識が、撮像時の「基準線」です。頭部軸位断（アキシャル断面）の標準的なスライス角には、主に以下の2つの基準線が用いられます。
日本の臨床現場で最も一般的に用いられているのがOMライン（Orbitomeatal Line：眼窩耳孔線）です。これは外眼窩端（外眼角）と外耳道中心を結ぶ線であり、水晶体への無駄な放射線被曝を避ける目的も兼ねて広く普及しています。一方、脳の長軸方向（前後径）により平行に近い断面が得られるのがSMライン（Suborbitomeatal Line：眼窩下耳孔線 / リード基準線）です。
ここでの決定的な注意点は、「基準線の傾きによって、同一スライス内に描出される構造物の前後バランスが変化する」という事実です。OMラインを基準に撮像された画像では、前方がやや頭側、後方がやや尾側に傾いた切り口になります。その結果、「前方では基底核レベルが見えているのに、後方ではまだ小脳天幕や小脳半球が写り込んでいる」といった前後差のズレが必然的に発生します。画像の端にあるスカウトビュー（位置決め画像）で基準線の角度をまず確認する習慣をつけることが、スライス誤認を防ぐ第一歩です。
