隔離した卵をすべて同じ容器で管理すると、数日のうちに白い綿のようなカビに覆われ、全滅してしまうケースが後を絶ちません。その主たる引き金となるのが「無精卵」の混入です。受精していない無精卵は数日で細胞が壊死し、水中の水カビ菌（サプロレグニア属など）の温床となります。早い段階で有精卵と無精卵の見分け方をマスターし、選別を完了させることが成否を分けます。
選別において最も信頼性の高い判断基準は、見た目の色合いと「指先で触れたときの弾力・硬さ」です。
- 有精卵の特徴：受精した卵は受精膜が硬化するため、指の腹で強めに転がしてもビクともしません。ゴムボールのような強い弾力があり、透明感のある淡い琥珀色をしています。
- 無精卵の特徴：受精しなかった卵は硬化が起こらず、指先で軽く押すだけで簡単に潰れて白い液体が漏れ出します。また、見た目も最初から白く濁っていたり、数日以内に全体が白濁したりします。
さらに、受精から数日が経過すると、有精卵の内部には劇的な変化が現れます。顕微鏡がなくても肉眼で確認できるメダカの卵の黒い点と発眼です。積算温度が一定値に達すると、受精卵の中にハッキリとした2つの黒い点（網膜色素）が浮かび上がります。この「発眼卵」が確認できれば、無精卵である可能性は完全に排除され、順調に細胞分裂が進んでいる証拠となります。
