『スーパーボンバーマン R』の大きな魅力のひとつが、コナミの名作ゲームから参戦した個性あふれるゲストキャラクターたちです。これらの隠しキャラクターは課金ではなく、ゲーム内で集めたジェムを消費してショップで購入することで解放されます。
各キャラクターは通常キャラと異なり、原作を再現した固有の特殊能力を所持しています。
- ビックバイパーボンバー（『グラディウス』）：一定距離を高速で直進ダッシュする「スピードアップ」スキルを所持。
- シモン・ベルモンドボンバー（『悪魔城ドラキュラ』）：聖なるムチで遠くのボムやキャラを引き寄せるトリッキーな立ち回り。
- ソリッド・スネークボンバー（『メタルギア ソリッド』）：しゃがみ状態で敵から身を隠し、背後から忍び寄るステルスアクションが可能。
- ピラミッドヘッドボンバー（『サイレントヒル2』）：大鉈を一振りして触れた敵を即座に撃破する攻撃特化タイプ。
- 藤崎詩織ボンバー（『ときめきメモリアル』）：「ときめきフィールド」で周囲の敵を一定時間行動不能にする強力な妨害技。
これらのキャラクターを揃えることで、パーティーゲームとしてのバラエティ感は何倍にも跳ね上がります。
