サンポート高松地下駐車場を利用する際、まず押さえておきたいのが基本的な課金システムと上限設定です。高松市中心部の相場と比較しても標準的な設定ですが、短時間利用と長時間利用でコストパフォーマンスが大きく分かれます。
通常料金は20分ごとに100円（終日同一レート）に設定されています。注目すべきは「最初の20分以内に出庫した場合は無料」というルールです。駅への家族の送迎や、施設内でのちょっとした荷物の受け渡しであれば、料金を一切かけずに利用できます。
長時間の滞在で鍵となる最大料金は、平日・土日祝ともに「入庫後24時間まで1,400円〜2,000円程度」の区分設定（※特定時期やエリア設定により変動あり）や、夜間帯（20:00〜翌8:00）の上限設定が設けられています。出張でJRやフェリーを利用して1泊する場合でも、青天井で加算される心配がなく安心して入庫できる体系です。
また、福祉面での配慮も行き届いており、サンポート高松地下駐車場では障害者割引が適用されます。身体障害者手帳、療育手帳、精神障害者保健福祉手帳をお持ちの方が利用する場合、事前精算機や管理事務所での提示によって駐車料金が50％減免（半額）となります。該当する手帳をお持ちの方は、精算前に手元へ準備しておくと手続きがスムーズです。
