「生まれた稚魚のオスメスはいつから見分けられるのか」という疑問は、計画的なブリーディングを進める愛好家から頻繁に寄せられます。 結論から述べると、肉眼で確実に判定できる限界ラインは体長1.5cm〜2.0cm（孵化後およそ30日〜45日程度）の「若魚ステージ」からです。孵化直後から体長1cm前後の稚魚（針子〜幼魚期）は、ヒレの軟条（なんじょう）が未発達であり、骨格的な性差が外見に現れていません。この時期に無理に見分けようとしても誤認の原因になります。
効率的かつ魚にダメージを与えずに選別作業を行うには、100円ショップのアクリルケースや観賞魚専用の「薄型選別ケース」の導入が欠かせません。水を入れた厚さ1〜2cm程度の透明ケースにメダカを1〜2匹ずつ移し、側面からLEDライトを当てながら観察します。スマートフォンのカメラでマクロ撮影（拡大撮影）を行い、画面上で静止画をピンチアウトして背びれの切れ込みや尻びれの形状を確認する方法は、現在プロブリーダーの間でも標準的な手法として定着しています。
