「神社とお寺の御朱印を同じ帳面に混在させてよいのか」という疑問には、歴史的背景と現代の実務上の両面が存在します。明治初期の神仏分離令以前は神仏習合が一般的であったため、信仰の観点から混在が絶対的悪とされるわけではありません。
しかし、現代の寺社実務においては「神社用」と「寺院用」で御朱印帳を分けるのが賢明な防衛策です。実際に一部の厳格な寺院（日蓮宗各本山や特定の古刹）では、「他宗派や神社の朱印が混ざっている帳面には揮毫できない」と断られるケースが報告されています。
また、「御朱印帳の最初の1ページ目を空けておく」という慣習も知っておく必要があります。これは「伊勢神宮（内宮・外宮）」に参拝した際、巻頭に神宮の御朱印を授与していただくためのスペースとして空けておく風習に由来します。伊勢神宮へ参拝予定がある方は、1ページ目を飛ばして2ページ目から使い始めるのが通例です。
