利用にあたって最も注意すべき重大なポイントは、「一般客室（出国前エリア）」と「トランジットホテル（出国後エリア）」が完全に別区画として運用されている点です。この仕組みを理解していないことによるトラブルが散見されます。
羽田空港第3ターミナル出国後エリアのトランジット宿泊は、国際線から国際線へ日本に入国せずに乗り継ぐ旅客、またはすでに日本出国手続きを完了した旅客専用の施設です。日本国内から出発する旅客が前泊目的で出国後エリアの客室を予約しても、フライト当日の保安検査受付時間前には物理的にアクセスできません。国内からの前泊・後泊は必ず「本館（出国前一般エリア）」を予約する必要があります。
また、シャワールームの予約や利用に関しても、ピーク時間帯（夕方〜深夜の国際線出発ラッシュ時）は満室・順番待ちになるケースが多く、搭乗時間に余裕を持った事前確認が推奨されます。
