物語の後半から終盤にかけて、独自の魅力で強烈な存在感を放ったのがピーク・フィンガーとハンジ・ゾエです。
「車力の巨人」として長期間巨人の姿で任務に従事していたピークは、四足歩行の癖が抜けず床に寝そべるなど、どこかユーモラスで気だるげな仕草が「かわいい」と大きな話題を呼びました。しかしその本質は極めて鋭利な観察眼と判断力を持つ戦術家であり、マーレ軍の知恵袋として幾度も窮地を救いました。仲間思いで達観した大人の色気を持つ彼女は、後半のマーレ編を彩るトップクラスの人気キャラへと駆け上がりました。
また、調査兵団第14代団長を務めたハンジ・ゾエの性別については、長年ファンの間で論争が続いてきました。結論として、原作漫画において原作者の諫山創氏は「性別をあえて明言せず、読者の解釈に委ねる」方針を取っており、公式ガイドブックでも性別欄は空白となっています。一方、アニメ版では女性声優（朴璐美氏）が演じ、女性的な容姿で描写される場面が多いものの、作中では性別を超越した「知の探求者」として描かれ続けました。最期の地鳴らし足止めシーンで見せた圧倒的な気迫は、性別の枠組みを超えて読者の胸を打ちました。
