山上に広がる境内は、東谷・中谷・西谷の3つのエリアに大別されます。なかでも参拝者が息をのむ2大ハイライトが「摩尼殿」と「三之堂」です。
崖にせり出すように組まれた木組みが京都の清水寺を彷彿とさせる摩尼殿（まにでん）は、天禄元年（970年）に性空上人が岩穴で観音像を感得した場所に建つ観音霊場です。現在の建物は昭和8年（1933年）に再建されたものですが、近代社寺建築の巨匠・武田五一の手による優美な懸造り（かけづくり）の傑作であり、国の登録有形文化財に指定されています。
摩尼殿からさらに奥の原生林を抜けた先に広がるのが、大講堂・食堂（じきどう）・常行堂の3棟がコの字型に並ぶ「三之堂（みつのどう）」です。いずれも国指定重要文化財であり、室町時代中期の純粋な中世和様・大仏様が混然一体となった建築美を誇ります。食堂の2階には寺宝の数々が展示されており、1階では写経体験（予約不要・随時受付）を行う参拝者の姿が絶えません。
