私立医療系大学を選ぶ上で避けて通れないのが経済的負担です。新潟薬科大学の納入金体系は以下の構成となっています。
- 薬学部（6年制）：初年度約225万円 / 6年間総額 約1,260万円
- 医療技術学部（4年制）：初年度約180万円 / 4年間総額 約640万円
- 看護学部（4年制）：初年度約185万円 / 4年間総額 約660万円
- 応用生命科学部（4年制）：初年度約155万円 / 4年間総額 約540万円
この学費設定に対して、新潟薬科大学は独自の強力な特待生制度（スカラシップ）を用意しています。一般選抜や共通テスト利用入試の上位合格者を対象に、授業料の全額免除（年間100万円以上免除）または半額免除が適用される枠があり、最長で卒業年限まで継続可能です。
さらに、新潟県内の病院や薬局チェーンが提供する「修学資金貸与制度」を併用することで、卒業後に指定の医療機関へ一定期間（5〜6年間）勤務すれば返還が全額免除される仕組みも充実しています。実質的な自己負担額を国公立大学並みに抑えて資格取得を目指す学生も少なくありません。
