本美術館の大きな見どころの一つが、日本を代表する建築家・内藤廣氏による先鋭的かつ有機的な建築デザインです。海岸段丘の起伏ある地形を壊すことなく、周囲のアカマツ林に身を隠すように配置された低層構造は、環境負荷を最小限に抑えつつ風景と見事に一体化しています。
エントランスから展示空間へと至るアプローチには、木材の温もりと打ち放しコンクリート、ガラスが織りなすリズミカルな陰影が演出されています。特に海側に大きく開かれたガラス窓は、五浦海岸の自然光を心地よく取り込み、四季折々の天候によって館内の表情を一変させます。建築専門誌やデザイン関係者の間でも「風景そのものを借景として額装した名建築」として高く評価されており、建物探訪を目的に訪れる来館者が絶えません。
