「神社とお寺で御朱印帳は別々に分けるべきなのか」という疑問は、御朱印巡りを始めたばかりの人が必ず直面する最大の分岐点といえます。
結論から述べると、神社とお寺の御朱印帳を分ける理由の根底には、明治時代初期に政府が発令した「神仏判然令（神仏分離令）」という歴史的背景が存在します。それ以前の日本には神と仏が調和して信仰される「神仏習合」の文化が根付いていましたが、明治維新を機に神社と寺院が制度上明確に区別されました。
現代の多くの寺社では混在した御朱印帳であっても快く揮毫してもらえますが、歴史の厳格な一部の大本山や霊場寺院、あるいは厳格な神社においては、神仏が混ざった帳面への直書きを断られる実例が今なお報告されています。特に日蓮宗の寺院で授与される「御首題（南無妙法蓮華経の髭題目）」は、他宗派や神社の御朱印が混ざっていない専用の御首題帳でないと揮毫を受け付けない運用が一般的です。
遠方まで足を運んで拝受を断られる悲劇を未然に防ぐ意味でも、最初から「神社用」と「寺院用」で2冊に分ける運用が最も無難で確実な選択肢となります。
