生理が長引く原因は、大きく分けて「機能的な問題（内分泌系・ホルモンの乱れ）」と「器質的な問題（子宮や卵巣の病変）」の2種類が存在します。特に10代から20代前半の若年層や、強い心理的プレッシャーを抱える現代女性に多発しているのが、ホルモンバランスの乱れに起因する出血です。
月経は、脳の視床下部・下垂体から分泌されるホルモンと、卵巣から分泌される「卵胞ホルモン（エストロゲン）」「黄体ホルモン（プロゲステロン）」の精密な連携によって制御されています。しかし、過度なダイエット、過労、環境の変化、睡眠不足などの強いストレスが生理を長引かせる引き金となります。自律神経が乱れて視床下部の働きが低下すると、正常な排卵が行われなくなるのです。
このように排卵を伴わずに月経のような出血が起こる病態を無排卵周期症と呼びます。排卵が起きないと黄体ホルモンが分泌されないため、エストロゲンの作用だけで子宮内膜が不規則に増殖し続けます。支えを失った内膜が部分的に剥がれ落ちることで、ダラダラとした少量の出血が長期間にわたって止まらなくなる破綻出血（機能性不正出血）が発生します。
また、40代後半以降のプレ更年期・更年期世代においても、更年期の生理が終わらない理由の多くは卵巣機能の低下に伴う無排卵やホルモンの急激なゆらぎです。月経周期が20日未満に短縮したかと思えば、2週間以上出血が止まらなくなるといった周期の乱高下が生じやすくなります。
一方、経口避妊薬や月経困難症治療で用いられる低用量ピルの服用中に不正出血が止まらないという相談も頻増しています。ピル開始初期の1〜3ヶ月間は、体内のホルモン環境が変化する過程で約20〜30%の利用者に少量の不正出血が見られます。多くは飲み続けることで内膜が安定し消失しますが、飲み忘れや内服時刻のズレがある場合、あるいは子宮頚管炎などの炎症が併発している場合にも出血が遷延するため、2シート以上続く場合は処方医への相談が欠かせません。
