条文上は厳格にみえる政教分離ですが、現実の社会生活において国家や自治体と宗教的慣習を完全に切り離すことは不可能です。道路開通の安全祈願や地域の伝統行事など、どこまでが世俗的な習俗で、どこからが違憲の宗教的活動なのか。この境界線をめぐり、最高裁判所は数々の歴史的判決を下してきました。
その起点となったのが、1977年の津地鎮祭訴訟判決です。三重県津市が市体育館の起工式で行った神道の地鎮祭に対し、公金支出の是非が争われました。最高裁はこのとき、すべての関わりを一律に禁止する「完全分離」を否定し、社会常識に照らして関わりが相当とされる限度を超えるもののみを禁止する「相対的分離」を採用。判断枠組みとして「目的効果基準」を打ち立てました。
目的効果基準とは、問題となる行為の「目的」が宗教的意義を持ち、その「効果」が特定の宗教に対する援助、助長、促進、あるいは圧迫、干渉になるか否かで合憲性を審査する手法です。津地鎮祭訴訟では、儀式が工事の無事を祈る世俗的な社会的儀礼にすぎないとされ、合憲と判断されました。
しかし、この基準は決して何でも許容する免罪符ではありませんでした。1997年の愛媛玉串料訴訟では、愛媛県知事らが靖国神社や護国神社の例大祭に公金から玉串料を奉納していた行為に対し、最高裁が「特定の宗教に対する特別な関心を持つ者と意識され、他の宗教に圧迫感を与える」として、政教分離訴訟として憲政史上初の違憲判決を下しました。
さらに2010年の空知太神社(そらちぶとじんじゃ)事件では、北海道砂川市が市有地を神社敷地として無償提供していた事態に対し、最高裁大法廷が違憲と判断。神社施設の撤去や土地の有償譲渡など、自治体に是正措置を強く迫る転換点となりました。2021年の那覇市孔子廟訴訟でも同様に、儒教施設への敷地無償提供が違憲と断じられています。